SNP探索に関連するご相談例です。

ある魚種で耐病性と相関するSNPの検索を行いたいと思っています。リファレンスは＊＊になると思いますが、次世代シークエンスを用いたQTLシークエンスにはどれぐらいの価格になるでしょうか。解析用サンプルは、斃死魚と健常魚のそれぞれでmixed DNAを調整し、それらを解析依頼することを考えています。これらで違いがありそうなSNPのピックアップを外注するか検討しています。すぐに動くわけではありませんが、予算計上の関係もあり、おおよその金額がわかれば助かります。ゲノムサイズは3G程度です

 

回答です

費用ですが、ゲノムが3Gb程度ですのでlane単位でランした方が安くなります。

Hiseq2000、100bp　paired-endで1laneランの場合32Gb保証ですが、約40Gb程度読むことができます。

今回は1サンプル当たり1laneまたは2laneがいいかと思います。
例えば2サンプル総4laneラン、2サンプルのデータ解析（SNP　call）の場合
2 x 50,000(library製作費）+ 4 x 375,000（ラン費）+2×50,000（データ解析 費）＝1,700,000円（税別）です。