例えば、ソウル大から発表された2011年の論文があります。この論文では、線維芽細胞とiPS細胞、ES細胞の比較を、mRNAマイクロアレイとタンパク質(iTRAQによる網羅的定量解析)によって行っています。結果的にES細胞とiPS細胞でもタンパク質発現が異なっており、タンパク質合成や代謝に関わるタンパク質で違いが見られたようです。

幹細胞での実施例

iPSではありませんが、幹細胞について解析した例は多く挙がっています。例えばmESCとmEpiSCの比較、授精と核移植の比較を同時に行ったO’Brienらの論文などもあります。
itraq-mESC-mEpiSC

iPS細胞とiTRAQに関する参考文献

Jin, Jonghwa, Yoo-Wook Kwon, Jae Seung Paek, Hyun-Jai Cho, Jiyoung Yu, Ji Yoon Lee, In-Sun Chu, et al. “Analysis of Differential Proteomes of Induced Pluripotent Stem Cells by Protein-Based Reprogramming of Fibroblasts.” Journal of Proteome Research 10, no. 3 (March 4, 2011): 977–89. doi:10.1021/pr100624f.

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