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植物のiTRAQサンプル調製について[プロテオーム受託相談]

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プロテオームのご相談例です。

ある植物のWTと変異体についてiTRAQと2D-LCを実施することを考えています。サンプル調製はどのように行えばよいでしょうか。

 

回答です

サンプルを全て一緒に送って解析という事であれば、iTRAQと2D-LCの送料をまとめることができますので、費用が浮きます。

さて調製方法ですが

  1. タンパク質抽出
  2. アセトン沈殿
  3. アセトンが残った状態での送付

というステップで御願いします。

最初の組織を破砕して、タンパク質の抽出を行う方法ですが、サーモフィッシャーより製品が出ております。もしくは、シグマアルドリッチに植物プロテオミクス用のタンパク質抽出およびタンパク質沈殿のキットがございます。

 

アセトン沈殿ですが、
こちらのプロトコルで実施して、問題なくできることを確認しております。
沈殿後のサンプルは次のバッファーに溶解させずに、アセトンが10〜20ul程度残った状態で保存してお送り下さい。
乾燥させすぎるとトリプシン処理に影響がでるので、その点はご注意下さい。
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東京大学大学院農学生命科学研究科修了(農学修士)。2008年PR会社を経て2009年よりリバネスに入社。同年、リバネスとして初の海外事業となる大学院生向けシリコンバレー研修を立ち上げる。2012年よりメディア開発事業を立ち上げ、第13回抗加齢医学会総会の事務局、マンガ「新抗体物語」の監修などを行った。2013年より、シードアクセラレーション事業「TECH PLANTER」を立ち上げる。日本国内外における大企業とスタートアップの連携構築の仕組みを構築し、新規事業創出や産学連携事業などを行う。2015年より投資育成研究センターを立ち上げ、リアルテックファンドでグロースマネージャーに着任、主な担当領域をバイオ・海洋として経営・事業化の支援を行う。2017年より、日本財団と連携し、海洋教育、起業家人材育成、海底探査技術開発の一体となったプロジェクトを立ち上げ。2018年より、創業開発事業部長。起業でなく「創業」をテーマに活動。