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de novo解析を考えています[次世代シーケンス受託ご相談例]

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ご相談例です

de novo世代シーケンスを考えております。サンプルはあるコケですが、ゲノムサイズはわかりません。別種ゴケと同じ程度の500Mbだとした場合の、シーケンス、アッセンブリ、ゲノム解析にかかる大まかな費用を教えてください。

 

回答です

draft de novo解析の場合、
ゲノムsizeを考慮すればHiseq, 100PE, 2lane程度がいいかと思います。
データ解析はassemblyまでで867,500円(税別)で提供可能です。
研究目的によってはdraftではない可能性もあると思います。
その場合はmatepair実験またはPacbioデータも必要になる可能性もあります。
詳細な実験目的を教えて頂ければdesign可能です。