タンパク質質量分析 よくあるご質問

サンプルについて

常温でサンプルを送っても大丈夫なのですか?

はい、GENOMINE社で検討したデータがございますのでそちらをご覧下さい。なおGENOMINE社は韓国国内でもお客様から常温でサンプル輸送を受け取っており、その同定率は90%程度です。

サンプルはどのように調製すればいいですか?

こちらをご参照ください。

サンプルは返還してもらえますか?

基本的には返還は行いません。

解析可能な染色方法は?

CBB染色、MS用銀染色(グルタルアルデヒド不含有)、Sypro Ruby、Negative Staining等が可能です。
ご不明な場合は、お問い合わせください。

Western blotting後、メンブレンに結合した状態のタンパク質は解析可能ですか?

解析できません。同じサンプルを2つ以上のレーンに流し、ゲルを半分に切って片方をWestern blottingに回して解析し、もう一方をCBB染色して同じ位置のバンドを切り出すなどしてください。

解析サービスについて

20kDa以下の低分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか?

LC-MS/MS Mass Spec Analysis (M4013)またはMALDI-TOF/TOF(M4014)によって同定が可能です。

100kDa以上の高分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか?

LC-MS/MSによるde novo sequencingは行っていますか?

オーストラリアのProteomics International社との提携により実施しています。こちらのページをご参照下さい。

ショットガンプロテオーム解析は取り扱っていますか?

取り扱っておりません。オーストラリアのProteomics International社との提携により、iTRAQやMudPITといった方法で網羅的な発現解析や、プロテオーム解析を行なっております。こちらのページをご参照下さい。

二次元電気泳動の際の1次元目のストリップはどのようなものがありますか?

pH3.5-10、pH4-7、pH4.5-6.5、pH6-8、pH7-9を用意しております。

点変異を導入したタンパク質の修飾が変化したかどうかを調べられますか?

質量の変化を測定することは可能ですが、他の部位の修飾変化が起きている可能性もあり、質量情報だけで判断するのは危険です。
このような場合は、構造解析をおすすめいたします。

検索はローカルサーバ / Webどちらのデータベースを参照しているのでしょうか?

両方を同時にかけております。ローカルサーバのみでの検索にも対応しておりますので、ご希望の場合は解析の前にご連絡ください。なお、ローカルサーバのみで検索を行った場合の結果のフォーマットはProFound形式になります。

使用している機器を教えてください。

MALDI-TOFはETTAN MALDI-TOF Pro(amersham biosciences)を使用しております。また、LC-MS/MSはLCQ Deca Max (Thermo Scientific)およびQSTAR XL (Applied Biosystems) を使用しております。

解析結果について

データはどのように送られてきますか?

ご注文時にログインしたものと同じページからダウンロードしていただきます。

ダウンロードできるデータの詳細はどのような内容ですか?

弊社で試したサンプルについてデータをお見せいたします。サンプルは10ngのタンパク質を使って解析した際のデータになります。
Genomine社より提供されるデータは特に指定が無い場合、ピークのRaw dataの画像ファイルとMascot形式のデータになります。データの内容についてご説明いたします。データは弊社で試した精製タンパク質サンプルをMALDI-TOF MSで解析した内容になります。

サンプル情報

  • サンプル:カラムクロマトグラフィーにより精製した出芽酵母転写因子TBP
  • 状態:SDS-PAGEで展開後、銀染色にて染色し、バンド部分を切り出して送付
  • 解析内容:MALDI-TOF MS(PMF)

分析のピークデータはraw dataで提供されます(図1)。図中の数字のついたピークはMascotサーチに利用したピークになります。その他のピークデータもご希望の方にはエクセル形式のデータとして提供いたします。 また、解析結果はMascot形式で提供されます(図2 a,b,c)。Genomine社のローカルサーバーにおさめられているローカルデータベースのみを使ったサーチも可能ですが、その際はMascot形式ではなくProFoud形式で提供されます。

図1 ピークのraw data

 

図2a Mascotサーチの結果1

 

図2b Mascotサーチの結果2(図2aのつづき)

 

図2c Mascotサーチの結果3(図2bのつづき)


結果のフォーマットは何形式でしょうか?

通常はMASCOT形式で結果を出しております。ローカルサーバのみで検索を行った場合はProFound形式になります。

検索に使用した以外のピークデータももらうことは可能ですか?

はい。通常は検索に使用したデータのみをお渡ししておりますが、ご希望をお伝えいただければ、全てのピークデータをお渡しいたします。データはエクセルでお渡しいたします。

解析の際のトラブルについて

タンパク質を同定できないのですが、どんな原因が考えられますか?

いろいろな可能性がありますが、主な理由は以下の3点です。

1. ケラチン等のコンタミネーション
MSは非常に高感度なため、夾雑物が微量でも分析に支障をきたす場合があります。サンプル調製に際して、以下の点にご注意ください。
・必ず手袋を着用する(ケラチンの混入を防ぐことに繋がります)。
・全てディスポーザブルの容器を使用する。

2. サンプル中に複数のタンパク質が含まれている場合
複数のタンパク質が混在しているとそれぞれ由来のピークが得られるため、同定できない場合が多いです。精製工程を増やすなどして、なるべく単一タンパク質になるようにしてください。また、LC-MS/MS分析であれば、複数混在していても同定することが可能です。

3. 目的とするタンパク質がデータベースに登録されていない場合
データベースへの登録情報が少ない生物種由来のタンパク質の場合は、同定できない場合が多いです。LC-MS/MS分析であれば、de novo sequencingによりアミノ酸配列を推定できる場合があります。


論文掲載について

このサービスを使ったデータは論文に掲載されたことはありますか?

以下はデータが掲載された論文の一例です。
1. Park SA, Lee HW, Hong MH, Choi YW, Choe YH, Ahn BY, Cho YJ, Kim DS, Lee NG, Comparative proteomic analysis of Helicobacter pylori strains associated with iron deficiency anemia. Proteomics 2006 Feb;6(4):1319-28.

2. Kim DS, Cho DS, Park WM, Na HJ, Nam HG. Proteomic pattern-based analyses of light responses in Arabidopsis thaliana wild-type and photoreceptor mutants. Proteomics 2006 May;6(10):3040-9

3. Cho NH, Koh ES, Lee DW, Kim H, Choi YP, Cho SH, Kim DS, Comparative Proteomics of Pulmonary Tumors with Neuroendocrine Differentiation. J Proteome Res. 2006 Mar;5(3):643-50.

4. Kim DS, An HJ, Park YK, Kim SK, Choi YP, Kang S, Ding B, Cho NH. Comparative proteomics of ovarian epithelial tumors. J Proteome Res. 2006 May;5(5):1082-90.

5. Ding B, Chi SG, Kim SH, Kang S, Cho JH, Kim DS, Cho NH. Role of p53 in antioxidant defense of HPV-positive cervical carcinoma cells following H2O2 exposure. J Cell Sci. 2007 Jun 13; 2284-94

6. Choi YW, Park SA, Lee HW, Kim DS, Lee NG. Analysis of growth phase-dependent proteome profiles reveals differential regulation of mRNA and protein in Helicobacter pylori. Proteomics. 2008 Jul;8(13):2665-75.

7. Park KM, Choi YH, Park WM, Na HJ, Na YJ, Lee DH, Chung WI, Kim DS, Proteomic pattern-based identification of molecular phenotypes from Arabidopsis thaliana ecotypes. Plant Science 177 (2009) 7?18

8. Kang S, Shim HS, Lee JS, Kim DS, Kim HY, Hong SH, Kim PS, Yoon JH, Cho NH. Molecular proteomics imaging of tumor interfaces by mass spectrometry. J Proteome Res. 2010 Feb 5;9(2):1157-64.

9. Kim DS, Choi YP, Kang S, Gao MQ, Kim B, Park HR, Choi YD, Lim JB, Na HJ, Kim HK, Nam YP, Moon MH, Yun HR, Lee DH, Park WM, Cho NH. Panel of Candidate Biomarkers for Renal Cell Carcinoma. J Proteome Res. 2010 May 11. [Epub ahead of print]

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