【NGS】よくあるご質問

Q:解析結果を見たいのですが、どうやってファイルを開けばよいですか?

A:FASTQ形式のZipファイルをダウンロードして下さい。解凍したファイルはテキストエディタで開くことができます。ただし、データサイズが大きい場合は、Vim (http://www.vim.org/) またはNotepad++ (http://notepad-plusplus.org/)を使用することをお薦めします。

 

Q:アノテーションの結果はどうすれば見れますか?

A: アノテーションの結果はすべてテキスト形式です。Vim, Notepad++,Microsoft word, Excel, 等の各種テキストファイルで開くことができます。

 

Q: アノテーションされた遺伝子とシーケンスデータを同時に見るにはどうすれば良いですか?

A:Artemis(https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/)等のゲノムブラウザを用いて.gbk ファイルを開くと結果を見ることができます。

 

Q:解析したゲノム情報をNCBIに登録するにはどうすれば良いですか?

A: まずはNCBIにサインインして下さい。Genome(WGC) submission portal (https://submit.ncbi. nlm.nih.gov/subs/wgs/)を通してゲノム情報を登録可能です。また、微生物を対象とする場合、NCBIが提供する特定のゲノムアノテーションパイプラインを使うことができます。

 

Q:その他に利用可能なアノテーションパイプラインは何がありますか?

A:NCBIのProkaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome /annotation_prok/)を使用可能です。ゲノム情報登録時に選択可能です。

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