よくあるお問い合わせ

よくあるお問い合わせと、その回答を記載しています。ご興味あるカテゴリ、質問をクリックすると回答が開きます。

サンプルの調整、送付について

常温でサンプルを送っても大丈夫なのですか?
はい、問題ございません。

濃度はどの程度に調整すればいいですか?
こちらのページをご覧ください。

サンプルは精製済みである必要がありますか?
カラム精製(240円/サンプル)、ゲル抽出(250円/サンプル)も承っております。

プライマーはどうやって送ればいいですか?
5pmol/μlに調製し、2μl/反応 程度の量をご用意いただき、サンプルとは別のチューブに入れてお送りください。
また、プライマー合成も承っております(110円/塩基)。


価格について

700円/1反応の「反応」はどういう意味ですか?
ひとつのテンプレートに対して、ひとつのプライマーからシングルエクステンションを行う反応です。
1テンプレートを両側から読みたい場合は2反応分となります。[/_spoiler]

納期について

サンプル発送後、どのくらいの期間で結果を得られますか?
解析元にサンプルが到着したあと、原則48時間以内に結果をお出しします。
ただし、韓国への送付のため、週の後半に発送すると、到着が翌週になりますのでご注意ください。


結果について

結果の.ab1ファイルはどのように開けばいいですか?
WindowsならFinchTV、Macなら4Peaks というフリーソフトで開けます。

下記からダウンロードし、インストールしてください。
FinchTV:http://www.geospiza.com/Products/finchtv.shtml

4Peaks:http://www.mekentosj.com/science/4peaks
ともに印刷やPDF保存も可能です。


サンプルの調整、送付等について

常温でサンプルを送っても大丈夫なのですか?

はい、GENOMINE社で検討したデータがございますのでそちらをご覧下さい。なおGENOMINE社は韓国国内でもお客様から常温でサンプル輸送を受け取っており、その同定率は90%程度です。

サンプルはどのように調製すればいいですか?

こちらをご参照ください。

サンプルは返還してもらえますか?

基本的には返還は行いません。

ゲルの染色方法におすすめはありますか?

CBB染色、MS用銀染色(グルタルアルデヒド不含有)、Sypro Ruby、Negative Staining等が可能です。
ご不明な場合は、お問い合わせください。

WesternBlotting後、メンブレンに結合した状態のタンパク質は解析可能ですか?

解析できません。同じサンプルを2つ以上のレーンに流し、ゲルを半分に切って片方をWestern blottingに回して解析し、もう一方をCBB染色して同じ位置のバンドを切り出すなどしてください。


お手持ちのタンパク質が質量分析で解析できるかどうか

20kDa以下の低分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか?

LC-MS/MS Mass Spec Analysis (M4013)またはMALDI-TOF/TOF(M4014)によって同定が可能です。

100kDa以上の高分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか?

点変異を導入したタンパク質の修飾が変化したかどうかを調べられますか?

質量の変化を測定することは可能ですが、他の部位の修飾変化が起きている可能性もあり、質量情報だけで判断するのは危険です。
このような場合は、構造解析をおすすめいたします。

糖鎖など修飾のパターンが複数あり、それが混ざったタンパク質の同定は可能でしょうか。

修飾頻度がかなり高い場合には同定が難しい場合があります。ただし、修飾されたペプチドを除いて、残りのmassだけでも同定できる可能性もあります。

タンパク質とDNAをクロスリンクさせたサンプルを持っています。タンパク質とDNAの結合部位を同定することは可能ですか?

DNAサイズが既知の場合はPMFで質量分析を行い、ペプチド質量が増加したかどうかで確認することも可能です。ただしDNAサイズが大きい場合は、MALDIでイオン化できない可能性が大きく、解析可能な範囲を超える可能性があります。その場合の結合部位の特定は困難です。

Whole_Protein_Analysisで、アミノ酸と核酸が結合した分子の分子量測定は可能でしょうか。

分子量が小さい場合は質量分析上で検出されない可能性があります。やってみなければなんとも言えません。

凍結乾燥サンプルを持っています。質量分析は可能ですか?

そのままでは解析できません。HPLC等で精製したタンパク質であっても、質量分析のためにはトリプシンによる in gel消化ステップが必要です。そのため、まずSDS−PAGEを行い、その後で質量分析を行うこととなります。
複数タンパク質が混在する凍結乾燥サンプルの場合でも、SDS-PAGEや二次元電気泳動を行った上で質量分析を行うことは可能です。

既知のタンパク質と未知のタンパク質が架橋して結合したサンプルを持っています。MALDI-TOF/TOFを使って未知のタンパク質を同定することは可能でしょうか。

結合しているタンパク質が1種類の場合、既知のタンパク質データを差し引くことで同定できる可能性があります。結合しているタンパク質が充分量ある必要があります。まずはお問い合わせください。

近接した位置に複数のリン酸化部位が予想されるサンプルを持っています。リン酸化部位の同定は可能ですか?

はい。トリプシン消化後のペプチドの中に複数のリン酸化部位がある場合でも分析可能です。


de novo解析や網羅的解析について

LC-MS/MSによるde_novo_sequencingは行っていますか?

オーストラリアのProteomics International社との提携により実施しています。プロテオーム解析のページをご参照下さい。

ショットガンプロテオーム解析は取り扱っていますか?

取り扱っておりません。オーストラリアのProteomics International社との提携により、iTRAQやMudPITといった方法で網羅的な発現解析や、プロテオーム解析を行なっております。プロテオーム解析のページをご参照下さい。


二次元電気泳動について

二次元電気泳動の際の1次元目のストリップはどのようなものがありますか?

pH3.5-10、pH4-7、pH4.5-6.5、pH6-8、pH7-9を用意しております。

2DE-gel用のサンプルを調製する際、最低濃度はどのくらいでしょうか。

最低濃度は決まってはいませんが、以降のタンパク質同定を考慮して200ug以上を推奨しています。


解析結果について

データはどのように送られてきますか?

ご注文時にログインしたものと同じページからダウンロードしていただきます。

ダウンロードできるデータの詳細はどのような内容ですか?

弊社で試したサンプルについてデータをお見せいたします。サンプルは10ngのタンパク質を使って解析した際のデータになります。
Genomine社より提供されるデータは特に指定が無い場合、ピークのRaw dataの画像ファイルとMascot形式のデータになります。データの内容についてご説明いたします。データは弊社で試した精製タンパク質サンプルをMALDI-TOF/MSで解析した内容になります。

サンプル情報

  • サンプル:カラムクロマトグラフィーにより精製した出芽酵母転写因子TBP
  • 状態:SDS-PAGEで展開後、銀染色にて染色し、バンド部分を切り出して送付
  • 解析内容:MALDI-TOF MS(PMF)

分析のピークデータはraw dataで提供されます(図1)。図中の数字のついたピークはMascotサーチに利用したピークになります。その他のピークデータもご希望の方にはエクセル形式のデータとして提供いたします。 また、解析結果はMascot形式で提供されます(図2 a,b,c)。Genomine社のローカルサーバーにおさめられているローカルデータベースのみを使ったサーチも可能ですが、その際はMascot形式ではなくProFoud形式で提供されます。

図1 ピークのraw data

 

図2a Mascotサーチの結果1

 

図2b Mascotサーチの結果2(図2aのつづき)

 

図2c Mascotサーチの結果3(図2bのつづき)


結果のフォーマットは何形式でしょうか?

通常はMASCOT形式で結果を出しております。ローカルサーバのみで検索を行った場合はProFound形式になります。

検索に使用した以外のピークデータももらうことは可能ですか?

はい。通常は検索に使用したデータのみをお渡ししておりますが、ご希望をお伝えいただければ、全てのピークデータをお渡しいたします。データはエクセルでお渡しいたします。


その他のお問い合わせ

使用している機器を教えてください。

MALDI-TOFはETTAN MALDI-TOF Pro (amersham biosciences)を使用しております。また、LC-MS/MSはLCQ Deca Max (Thermo Scientific)およびQSTAR XL (Applied Biosystems) を使用しております。

検索はローカルサーバ / Webどちらのデータベースを参照しているのでしょうか?

両方を同時にかけております。ローカルサーバのみでの検索にも対応しておりますので、ご希望の場合は解析の前にご連絡ください。なお、ローカルサーバのみで検索を行った場合の結果のフォーマットはProFound形式になります。

このサービスを使ったデータは論文に掲載されたことはありますか?

以下はデータが掲載された論文の一例です。

  • Park SA, Lee HW, Hong MH, Choi YW, Choe YH, Ahn BY, Cho YJ, Kim DS, Lee NG, Comparative proteomic analysis of Helicobacter pylori strains associated with iron deficiency anemia. Proteomics 2006 Feb;6(4):1319-28.
  • Kim DS, Cho DS, Park WM, Na HJ, Nam HG. Proteomic pattern-based analyses of light responses in Arabidopsis thaliana wild-type and photoreceptor mutants. Proteomics 2006 May;6(10):3040-9
  • Cho NH, Koh ES, Lee DW, Kim H, Choi YP, Cho SH, Kim DS, Comparative Proteomics of Pulmonary Tumors with Neuroendocrine Differentiation. J Proteome Res. 2006 Mar;5(3):643-50.
  • Kim DS, An HJ, Park YK, Kim SK, Choi YP, Kang S, Ding B, Cho NH. Comparative proteomics of ovarian epithelial tumors. J Proteome Res. 2006 May;5(5):1082-90.
  • Ding B, Chi SG, Kim SH, Kang S, Cho JH, Kim DS, Cho NH. Role of p53 in antioxidant defense of HPV-positive cervical carcinoma cells following H2O2 exposure. J Cell Sci. 2007 Jun 13; 2284-94
  • Choi YW, Park SA, Lee HW, Kim DS, Lee NG. Analysis of growth phase-dependent proteome profiles reveals differential regulation of mRNA and protein in Helicobacter pylori. Proteomics. 2008 Jul;8(13):2665-75.
  • Park KM, Choi YH, Park WM, Na HJ, Na YJ, Lee DH, Chung WI, Kim DS, Proteomic pattern-based identification of molecular phenotypes from Arabidopsis thaliana ecotypes. Plant Science 177 (2009) 7-18
  • Kang S, Shim HS, Lee JS, Kim DS, Kim HY, Hong SH, Kim PS, Yoon JH, Cho NH. Molecular proteomics imaging of tumor interfaces by mass spectrometry. J Proteome Res. 2010 Feb 5;9(2):1157-64.
  • Kim DS, Choi YP, Kang S, Gao MQ, Kim B, Park HR, Choi YD, Lim JB, Na HJ, Kim HK, Nam YP, Moon MH, Yun HR, Lee DH, Park WM, Cho NH. Panel of Candidate Biomarkers for Renal Cell Carcinoma. J Proteome Res. 2010 May 11.



解析の際のトラブルについて

タンパク質を同定できないのですが、どんな原因が考えられますか?

いろいろな可能性がありますが、主な理由は以下の3点です。

1. ケラチン等のコンタミネーション
MSは非常に高感度なため、夾雑物が微量でも分析に支障をきたす場合があります。サンプル調製に際して、以下の点にご注意ください。
・必ず手袋を着用する(ケラチンの混入を防ぐことに繋がります)。
・全てディスポーザブルの容器を使用する。

2. サンプル中に複数のタンパク質が含まれている場合
複数のタンパク質が混在しているとそれぞれ由来のピークが得られるため、同定できない場合が多いです。精製工程を増やすなどして、なるべく単一タンパク質になるようにしてください。また、LC-MS/MS分析であれば、複数混在していても同定することが可能です。

3. 目的とするタンパク質がデータベースに登録されていない場合
データベースへの登録情報が少ない生物種由来のタンパク質の場合は、同定できない場合が多いです。LC-MS/MS分析であれば、de novo sequencingによりアミノ酸配列を推定できる場合があります。


短いペプチドでも超遠心で解析できますか?
できます。

低イオン強度での解析は可能ですか?
一般的には0.1M程度の塩が必要(非理想性を排除するため)ですが、問題ない場合もあるため、ご相談ください。

凍結サンプルの送付は可能ですか?
所定量のバッファーに溶かすだけなら可能です。

推奨されている溶媒の塩濃度よりも高い濃度(0.375M)でサンプルを調整しています。サンプルの安定性から希釈がなかなかできません。解析は可能ですか?
0.375Mなら可能です。(その他の濃度の場合もご相談ください。)

最低限解析に必要なサンプルの濃度(吸光度)を教えてください。
吸光度が0.3程度まで測れます。濃度が低くなるほどS/N比は低くなってしまうことに、ご留意ください。

タンパク質の会合状態は解析できますか?
できます。(多量体の場合に、どこまで詳細を明らかにできるかはタンパク質の種類によりますので、ご相談ください。)

解析したいタンパク質をポリマーと混合した際に、タンパク質と結合したポリマーの数はわかりますか?
ポリマーの「大きさ」および「均一性」に依ります。ポリマーがタンパク質の会合体の分子量の10倍以上あり、ポリマーにタンパク質が結合したかどうか、いくつ結合したか等を決めるのは困難です(特にポリマーがヘテロな場合)。
しかし、例えば、ポリマーがタンパク質ではなく、280nmに吸収がないとします。タンパク質の方に注目し、その分子量の増加を見ることによってタンパク質が結合したかどうか、何分子結合したかが分かる可能性があります。
解析の所要期間はどの程度ですか?
サンプル到着後、約10営業日で結果をお返しします。

必要なサンプル量はどれくらいですか?
通常10ng〜100ngの精製タンパク質が必要です。凍結乾燥サンプル、粉末サンプルの場合は50μg必要です。

低分子量のタンパク質は解析可能ですか?
20kD以下の低分子タンパク質の場合は、通常よりも多めにサンプル量をご用意ください。

解析費用はいくらですか?
“基本料金9500円+解析できたペプチドあたり8500円 です。
例えば3ペプチド解析できた場合は、9500 + (8500 × 3) = 35000円 となります。
またこれに加え、サンプル送料が必要となります。”

シーケンス可能なペプチドの長さはどれぐらいですか?
6-15残基のペプチドシーケンスが適しています。15-20残基より長い配列を決定する際には、解析に用いるタンパク量を増やす必要があります。