二次元電気泳動、タンパク質質量分析
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会員登録

会員登録はホームページから行います。 GENOMINEプロテオーム解析サービスページ にアクセスし画面左上のサービス依頼分析をクリックいたしますと、ログイン画面が表示されますので、ここから登録を行います。 IDとパスワードを決定していただくほか、お名前、所属機関等必要事項をご入力ください。

※パスワードはお客様にしか分からない形で処理しておりますので、パスワードを忘れないようにご留意ください。パスワードを忘れた場合は、お問い合わせページよりご連絡ください。

 

<サービス管理について>

GENOMINE ホームページのプロテオーム解析サービス管理システムでは、サンプルの到着、解析の進捗、終了までの全過程をメールで逐次お知らせいたします。終了後にはその結果がダウンロード出来るシステムになっております。

 


サンプルの準備

MS(質量)分析用サンプルの場合

  1. Gel(2-DE gel 又は SDS-PAGE gel)をDW(チリなどの混入が無いようにおねがいいたします)で3回洗浄してください。
  2. 分析する spot(又は band)を汚染されてない清潔なカミソリ、メスの刃を用いて切り抜いてください。
    ※スポット周辺の余分なゲルは出来るだけ除いてください。
  3. 切り出したゲル片を1.5mlのエッペンチューブに入れしっかりとフタをしてください。
    ※チューブにはバッファーや水などは入れずゲル片だけを入れてください。乾燥させたバンドでも構いません。
  4. Gel のイメージファイルと切り出した バンド(もしくはスポット)のおおまかな分子量を記載した資料をプリントアウトしていただき、サンプルに同封してください。
    ※分子量はタンパク質同定のためのデータベース検索の際に参考にいたします。

Whole Protein Mass分析用サンプルの場合

  1. サンプル溶液は、塩濃度を50mM以下になるよう調製し、タンパク質濃度0.7mg/ml以上で20μl以上をご用意ください。
    ※TrisバッファーやPBSはMALDIと相性が悪いため、使用しないようご注意ください。親水性タンパク質の場合、滅菌水への溶解が望ましいです。

<サービスに関する諸注意>

  • 銀染色で質量分析サンプルを調製する場合は、グルタルアルデヒドが含まれていない試薬をご利用ください。グルタルアルデヒドが入っている場合はタンパク質がゲルに架橋されるため、分析が行えなくなります。
  • 電気泳動ゲルからのPMF 同定とMALDI-TOF/TOF 同定の場合、 CBB染色では薄く染まる程度、銀染色では明瞭に染まる程度の量が必要です。CBBの場合はバンド1本以上、銀染色の場合はバンド3本以上を目安にお考えください。
  • 脱色(destaining)は行わなくても結構です。
  • 還元処理、アルキル化処理は必要ございません。
  • CAF-MALDI sequencing分析と LC-MS/MS分析はCBB染色されたタンパク質バンドが必要です。1バンドのタンパク質量が少ない場合はバンドが複数必要になります。SPOTの場合は少なくとも3-4個のスポットをお送りください。

 


2-DE(二次元電気泳動)分析用サンプルの場合

  1. 4x SDS sample bufferを調製します。
    ※ 4X SDS sample buffer(modified) 組成
    250mM Tris-HCl(pH6.8)、8% SDS、0.08% Bromophenol Blue
    ※ 2-mercaptoethanol無しで調製してください
    4x SDS sample bufferに溶解したタンパク質サンプルを常温輸送した後でも、
    タンパク質組成に大きな影響が無いことを確認しています
  2. sample bufferと細胞(またはタンパク質抽出液)を混合し、可溶化します。

<動物組織>

  • 検体量:20mg以上
  • 可溶化法:300ul 4X SDS sample bufferによって破砕し、20分以上可溶化します。

 

<植物組織>

  • 検体量:200mg以上
  • 可溶化法:液体窒素を利用して組織を粉砕し、200ul 4x SDS sample bufferを添加して20分以上可溶化します。(植物組織はサンプルを採取後、ただちに-80℃以下の温度で保存し、液体窒素による破砕を行ってください)※植物組織の場合は、凍結乾燥処理したサンプルをお送りいただくことを推奨しております。凍結乾燥装置が無い場合は、ご相談ください。

 

<培養細胞>

  • 検体量(細胞数):2 x 106 以上
  • 可溶化法:細胞を遠心分離した後、上層液(培地成分)は捨て、ペレットを PBSで2-3回 洗浄し、洗浄液を取り除いたのちに300ul 4X SDS sample bufferで20分以上可溶化します。

 

<タンパク質抽出液>

  • 検体量:1mg程度(Bradford法などで定量して下さい)
  • 可溶化法:4X SDS sample bufferをサンプル量に合わせて加えてください。※200ugで24cm large gelを用いた2-DEを1回実施できますが、以後の質量分析を考慮して1mg程度の量をお送りください。

 

<サービスに関する諸注意>

  • 特にご指定のない場合は、ph3-10の1次元Gelと24cmの2次元Gelを用いて解析を行いますが、その他のrangeのGelも対応可能ですので、ご希望がある場合はご連絡ください。
  • 染色はMALDI-compatible alkaline silver stainingを基本的に行いますので coomassie stainingをご希望の方はサービス依頼の際にお問い合わせください。(ゲノム解析が出来てない種につきましては MS/MS分析のために必ずcoomassie stainingを行います)
  • 結果によらず、分析を実施したところまでの費用が発生いたします。
  • 塩濃度の高いサンプルは泳動パターンが乱れる可能性がございますので、サンプル調製の際にはご注意ください。
  • 感染性のあるサンプルは処理の際に確実に不活性化していただくよう、お願い申し上げます。

 


分析依頼

  1. GENOMINEプロテオーム解析サービスページにログイン後、[サービス申請書作成]をクリックしてください。
  2. 希望する解析法、サンプル数、サンプルの詳細情報などをご記入いただき、情報を送信してください。
  3. 以上で注文は完了です。確認画面を印刷し、サンプルに同封してお送り下さい。

 


サンプルの送付

サンプルは常温でGENOMINE社にお送りいただきます。お送りいただく際には、以下をご用意ください。

  • 箱や梱包に入れるもの
    • 解析サンプル
    • プリントアウトした分析依頼
    • 染色したサンプルのゲルイメージおよび分子量が記載されている用紙(切り出したゲルをお送りいただく際に必要です)
  • 発送の際に窓口・集荷担当者に渡すもの
    • commercial invoice (EMS利用の場合は1通、TNT利用の場合は5通)
    • タンパク質送付誓約書(TNT利用の場合のみ、2通)
    • プリントアウトしたTNTの発送書類(TNT利用の場合のみ)

 

<送付の方法>

送付の方法には、(1)EMS、(2)TNT の2通りがございます。
EMS(国際郵便サービス)

郵便局の窓口でご注文いただけます。窓口に伝票がありますので、小包便用の伝票をお使いください。
送料は、箱や詰め物がそれほど大きくなければ、通常900円で発送できます。

TNT(国際宅急便サービス)
こちらのTNTサイトからご注文ください。
MS分析用サンプル4個以上、2-DE分析用サンプル2個以上お送りいただく場合は着払いでご利用いただけます。
着払いをご利用いただく際は、下記のアカウント番号を着払いの欄にご記入ください。
Genomine TNT アカウント番号:566166

 

<送料>

  • MS分析用サンプル1-3個、2-DE分析用サンプル1個の場合はお客様に送料をご負担いただきます。郵便局の EMSをご利用いただくと、お安く済みます。
  • EMSの場合、小包便で内容物表記に「MS sample non hazardous」とご記載ください(※)。また、伝票下部に危険物でないかのチェック項目がありますので、必ずチェックをお願いいたします。
    ※取り扱い窓口の担当によっても対応が変わる可能性がありますので、必ず問題が起きない事をお約束するものではございませんが、過去の事例では問題なく受領されております。
    ※窓口で「過去にも問題なく送っている」という旨を伝えると手続きがスムーズになることがあります。
  • MS分析用サンプル4個以上、2-DE分析用サンプル2個以上お送りいただく場合は、TNTでGenomine着払いをご指定ください。着払いをご利用いただく際は、下記のアカウント番号を着払いの欄にご記入ください。
    Genomine TNT アカウント番号:566166

 

<commercial invoiceについて>

commercial invoiceは通関の際に、お送りいただくサンプルに商業的価値が無いことを証明する為に必要な書類です。
荷送人/輸出者の欄に、お申込者様の情報を英語でご記入ください。
テンプレートを下記よりダウンロードいただき、必要事項をご記入下さい。

 

<タンパク質送付誓約書について(TNTをご利用の場合のみ)>

タンパク質送付誓約書は通関の際に、お送りいただくサンプルに危険性が無いことを証明するために必要な書類です。
日付、ご所属、お名前をご記入いただき、プリントアウトしてください。

 

<サンプル送付先>

Na Hyung Jin, GENOMINE Inc.
Venture Bldg 307, Pohang Techno Park 394,
Jigok-ro, Nam-gu, Pohang-si, Gyeongsangbuk-do,
Korea, 37668
tel:+82-54-223-2463 fax:+82-54-223-2460

 

<TNTでの送付方法>

TNTで送付する場合には、下記Webサイトからの配送申し込みになります。
TNT Express
申し込みが完了した時点で配送に必要な書類一式がプリントアウトできるようになるので、それらをプリントアウトし、配達員に渡してください。申し込みの際の方法についてまとめた書類をこちらからダウンロードできます。

発送はTNTもしくは提携配送業者がいったん東京に荷物を集め、一括して成田空港からの配送になります。23区の場合は当日15時までであれば当日成田から発送されますが、それ以降になりますと翌日発送になります。また、それ以外の地域は1日のタイムラグが生じますので、到着日を心配される方はTNTにご確認いただくことを推奨いたします。

 

 


分析

サンプルの到着から、分析の進捗、分析の完了までの一連の状況は、ホームページにあるサービス依頼(サービス管理システム)からログインいただくことで、ご覧になれます。

 

<分析サービスの方針>
    • 情報の守秘

GENOMINE社はサンプルを提出された組織(機関、会社)との間に非開示契約がなくても提供されたサンプルの情報についての守秘義務を有します。 書面での締結が必要な場合はお問い合わせください。

 

    • サンプルの廃棄

GENOMINE社は受託依頼者から依頼されたサンプルについての分析を終了した後、残存するサンプルがある場合には、6ヶ月間またGelの場合は1年間の保管の後に廃棄することを原則とします。

 


結果の入手

サンプルの分析が完了しましたら、GENOMINE社よりお客様にe-mailで通知がございますので、メールに記載されているアドレスからサイトにアクセスしてください。該当するサービスを選択しますと、そこからデータを入手することができます。

 


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