サンプルについて
解析サービスについて
・リン酸化部位を特定するためには、どのサービスを利用すればいいですか？
・20kDa以下の低分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか？
・100kDa以上の高分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか？
・LC-MS/MSによるde novo sequencingは行っていますか？
・二次元電気泳動の際の1次元目のストリップはどのようなものがありますか？
・検索はデータベースはローカルサーバのデータベースを参照しているのでしょうか、それともWebのデータベースを参照しているのでしょうか？
解析結果について
・検索に使用した以外のピークデータももらうことは可能ですか？
解析の際のトラブルについて
・タンパク質を同定できないのですが、どんな原因が考えられますか？
論文掲載について
・このサービスを使ったデータは論文に掲載されたことはありますか？
はい、GENOMINE社で検討したデータがございますのでそちらをご覧下さい。なおGENOMINE社は韓国国内でもお客様から常温でサンプル輸送を受け取っており、その同定率は85%程度です。
こちらをご参照ください。
基本的には返還は行いません。
リン酸化部位を特定するためには、どのサービスを利用すればいいですか？
MALDI-TOF PSDによるリン酸化ペプチドの同定 (P8030)およびCAF sequencingによるリン酸化部位の決定 (P8040)が必要となります。
サンプルの調製にはお客様にターゲットのリン酸化タンパク質を精製していただくか、リン酸化タンパク質の染色サービス(SDS-PAGE) (P8010)またはリン酸化タンパク質の染色サービス(2-DE Gel) (P8011)がご利用いただけます。
解析の成功率にはターゲットの精製度が大きく影響するため、2次元電気泳動（サービス利用の場合はP8011）での分離をおすすめしております。
20kDa以下の低分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか？
LC-MS/MS MASS SPEC Analysis (M4013)によって同定が可能です。
100kDa以上の高分子タンパク質を解析したい場合はどうすればいいですか？
MALDI-TOF MASS SPEC Analysis (M4010)、LC-MS/MS MASS SPEC Analysis (M4013)によって同定が可能です。
LC-MS/MSによるde novo sequencingは行っていますか？
現在のところ、行っておりません。一部のペプチドに対してLC-MS/MSを実施し、得られた結果を異なる種のデータベースにかけてホモロジーサーチを行い、そこからタンパク質を類推することは可能です。ご相談ください。
取り扱っておりません。代わりに、ショットガン LCではなく2-DEでタンパク質spotを分離してから同定を行うことで良いprotein profiling の結果を得ております。また、ショットガンプロテオーム解析のかわりに、試料を1D SDS-PAGEで分離し、20～30個の区間に分け切ってLC-MS/MSを行う方法でも良い結果を得ておりますので、ご希望の際は一度ご相談ください。
二次元電気泳動の際の1次元目のストリップはどのようなものがありますか？
pH3.5-10、pH4-7、pH4.5-6.5、pH6-8、pH7-9を用意しております。
検索はデータベースはローカルサーバのデータベースを参照しているのでしょうか、それともWebのデータベースを参照しているのでしょうか？
両方を同時にかけております。ローカルサーバのみでの検索にも対応しておりますので、ご希望の場合は解析の前にご連絡ください。なお、ローカルサーバのみで検索を行った場合の結果のフォーマットはProFound形式になります。
MALDI-TOFはETTAN MALDI-TOF Pro(Amersham Bioscience)を使用しております。また、LC-MS/MSはLCQ Deca Max (Thermo Scientific)およびQSTAR XL (Applied Biosystem) を使用しております。
A. 専用のFTPサーバからダウンロードしていただきます。結果としておさめられているデータは以下の図をご参照ください。
図1 結果データファイルに含まれているファイルおよびフォルダ
弊社で試したサンプルについてデータをお見せいたします。サンプルは10ngのタンパク質を使って解析した際のデータになります。詳細はこちらのページをご覧ください。
Genomine社より提供されるデータは特に指定が無い場合、ピークのRaw dataの画像ファイルとMascot形式のデータになります。データの内容についてご説明いたします。データは弊社で試した精製タンパク質サンプルをMALDI-TOF MSで解析した内容になります。
サンプル情報
サンプル：カラムクロマトグラフィーにより精製した出芽酵母転写因子TBP
状態：SDS-PAGEで展開後、銀染色にて染色し、バンド部分を切り出して送付
解析内容：MALDI-TOF MS（PMF）
図1 ピークのraw data
分析のピークデータはraw dataで提供されます（図1）。図中の数字のついたピークはMascotサーチに利用したピークになります。その他のピークデータもご希望の方にはエクセル形式のデータとして提供いたします。 また、解析結果はMascot形式で提供されます（図2 a,b,c）。Genomine社のローカルサーバーにおさめられているローカルデータベースのみを使ったサーチも可能ですが、その際はMascot形式ではなくProFoud形式で提供されます。
図2a Mascotサーチの結果１
図2b Mascotサーチの結果2（図2aのつづき）
図2c Mascotサーチの結果3（図2bのつづき）
通常はMASCOT形式で結果を出しております。ローカルサーバのみで検索を行った場合はProFound形式になります。
はい。通常は検索に使用したデータのみをお渡ししておりますが、ご希望をお伝えいただければ、全てのピークデータをお渡しいたします。データはエクセルでお渡しいたします。
タンパク質を同定できないのですが、どんな原因が考えられますか？
いろいろな可能性がありますが、主な理由は以下の3点です。
- ケラチン等のコンタミネーション
MSは非常に高感度なため、夾雑物が微量でも分析に支障をきたす場合があります。サンプル調製に際して、以下の点にご注意ください。
・必ず手袋を着用する（ケラチンの混入を防ぐことに繋がります）。
・全てディスポーザブルの容器を使用する。 - サンプル中に複数のタンパク質が含まれている場合
複数のタンパク質が混在しているとそれぞれ由来のピークが得られるため、同定できない場合が多いです。精製工程を増やすなどして、なるべく単一タンパク質になるようにしてください。また、LC-MS/MS分析であれば、複数混在していても同定することが可能です。 - 目的とするタンパク質がデータベースに登録されていない場合
データベースへの登録情報が少ない生物種由来のタンパク質の場合は、同定できない場合が多いです。LC-MS/MS分析であれば、de novo sequencingによりアミノ酸配列を推定できる場合があります。
このサービスを使ったデータは論文に掲載されたことはありますか？
以下はデータが掲載された論文の一例です。
1. Park SA, Lee HW, Hong MH, Choi YW, Choe YH, Ahn BY, Cho YJ, Kim DS, Lee NG, Comparative proteomic analysis of Helicobacter pylori strains associated with iron deficiency anemia. Proteomics 2006 Feb;6(4):1319-28.
2. Kim DS, Cho DS, Park WM, Na HJ, Nam HG. Proteomic pattern-based analyses of light responses in Arabidopsis thaliana wild-type and photoreceptor mutants. Proteomics 2006 May;6(10):3040-9
3. Cho NH, Koh ES, Lee DW, Kim H, Choi YP, Cho SH, Kim DS, Comparative Proteomics of Pulmonary Tumors with Neuroendocrine Differentiation. J Proteome Res. 2006 Mar;5(3):643-50.
4. Kim DS, An HJ, Park YK, Kim SK, Choi YP, Kang S, Ding B, Cho NH. Comparative proteomics of ovarian epithelial tumors. J Proteome Res. 2006 May;5(5):1082-90.
5. Ding B, Chi SG, Kim SH, Kang S, Cho JH, Kim DS, Cho NH. Role of p53 in antioxidant defense of HPV-positive cervical carcinoma cells following H2O2 exposure. J Cell Sci. 2007 Jun 13; 2284-94
6. Choi YW, Park SA, Lee HW, Kim DS, Lee NG. Analysis of growth phase-dependent proteome profiles reveals differential regulation of mRNA and protein in Helicobacter pylori. Proteomics. 2008 Jul;8(13):2665-75.
7. Park KM, Choi YH, Park WM, Na HJ, Na YJ, Lee DH, Chung WI, Kim DS, Proteomic pattern-based identification of molecular phenotypes from Arabidopsis thaliana ecotypes. Plant Science 177 (2009) 7?18
8. Kang S, Shim HS, Lee JS, Kim DS, Kim HY, Hong SH, Kim PS, Yoon JH, Cho NH. Molecular proteomics imaging of tumor interfaces by mass spectrometry. J Proteome Res. 2010 Feb 5;9(2):1157-64.
9. Kim DS, Choi YP, Kang S, Gao MQ, Kim B, Park HR, Choi YD, Lim JB, Na HJ, Kim HK, Nam YP, Moon MH, Yun HR, Lee DH, Park WM, Cho NH. Panel of Candidate Biomarkers for Renal Cell Carcinoma. J Proteome Res. 2010 May 11. [Epub ahead of print]